Die NKVK wird vom Vorstand geleitet, dem die hauptamtliche Geschäftsführung zur Seite steht. Entscheidungen von grundsätzlicher Bedeutung, wie Satzungsänderungen, Änderungen des Beitragssatzes oder die Abnahme der Jahresrechnung, sind dem Verwaltungsrat vorbehalten, der von den beteiligten Kirchen bestellt wird. Die Kasse ist der Aufsicht des Landeskirchenamtes Hannover unterstellt.